Das Buch versucht, das Wesen naturalistischen Denkens epocheübergreifend zu verstehen und seine Grenzen aufzuweisen. Hierzu wird ein heuristisches Modell verwendet, das naturalistische und nicht naturalistische Konzeptionen als gegensätzliche Antworten auf die Grundfrage nach dem Verhältnis von Wirklichkeit und begrifflicher Repräsentation unterscheidet. Die naturalistische Formel „Alles ist Natur" stellt sich entweder als Überzeugung dar, alle Wirklichkeit lasse sich im Begriff abbilden (Essentialismus), oder als deren konträrer Gegensatz, d.h. als nominalistische Statuierung einer absoluten Nichtanalysierbarkeit des Wirklichen, weil alles mit allem Zusammenhänge (Holismus). Eine nicht naturalistische Philosophie dagegen betrachtet die Wirklichkeit als Geheimnis, das zwar partiell begriffen werden kann (so erscheint sie als Natur), sich aber im Ganzen dem Begreifen entzieht. Im Zuge der Problematisierung der modernen Physik zeigt sich, dass die Relativitätstheorie essentialistisch missdeutet werden kann (Einstein, Minkowski, Weyl u.a.), während die Quantentheorie holistische Implikationen nahezulegen scheint. Die philosophische Relevanz der quantentheoretischen Kritik der „klassischen Physik" wird durch den Rückgriff auf scholastische Spekulationen über unsagbare Aspekte der Wirklichkeit reflektiert. Hier bietet vor allem Johannes Duns Scotus fruchtbare Ansätze.