Das Abenteuer geht weiter! Nach dem Verwirrspiel in Chain of Memories drückt Sora sozusagen die Reset-Taste und beginnt mit seinen Gefährten Donald & Goofy dort, wo sie in der ersten Kingdom-Hearts-Reihe aufgehört haben. nämlich mit der Suche nach Riku und dem König. Doch bevor sie fündig werden, müssen sie erst einmal feststellen, dass Sora irgendwie ganz schön gewachsen ist, die Herzlosen immer noch durch die Welten randalieren und es einen neuen Feind gibt: die Niemande!