Der zweite Teil von Bd. 1 (Die Grundschriften) macht zunächst eine der Streitschriften Speners vollständig zugänglich: "Die allgemeine Gottesgelehrtheit aller glaubigen Christen und rechtschaffenen Theologen (1680)". In Fortführung eines schon in den Pia desideria angesprochenen Themas erörtert Spener ausführlich, dass für einen rechten Theologen die reine Gelehrsamkeit nicht ausreiche, sondern dass die Erleuchtung durch den Heiligen Geist hinzukommen müsse. Während Spener sich hier mit der orthodoxen Geistlichkeit auseinandersetzt, wendet sich die zweite Schrift gegen die radikalen Pietisten: "Der Klagen über das verdorbene Christenthum - mißbrauch und rechter gebrauch / Darinnen auch Ob unsere Kirche die wahre Kirche oder Babel / und ob sich von deroselben zu trennen nöhtig / gehandlet wird (1685)". Spener geht es darum, dass die Konsequenz aus den berechtigten Klagen über die Missstände in der Kirche nicht die Trennung von der Kirche sein dürfe. Es sei vielmehr notwendig, in der Kirche zu bleiben und hier auf die Abstellung der Mängel hinzuwirken.